就健保局的觀點，論量計酬的給付方式使得醫院為了衝量，可能會替病人進行不必要的治療，造成浪費。現行給付制度為總額與DRG並行，其中DRG雖然不能減少總體的健保醫療支出，但可以防止論量計酬造成醫療浪費的缺點，提高醫療服務效率，讓總額下之資源使用更公平合理。而實行DRG制度將會迫使醫院必須以更嚴格控管成本的方式去經營。
理論上，DRG給付制度應該能夠減少醫療資源的浪費，讓「小病就做全套檢查或住院」的狀況杜絕，讓醫院轉而以更好的方式去利用現有的醫療資源。但事實上，許多可能的問題也隱藏在背後。DRG用簡單的編碼和定額，把醫療行為規格化，容易造成醫院把不合規格的病人拒於門外。當治療重症病人時，DRG給付容易超標，對於醫院來說等於是虧錢。雖然衛生福利部認為每個DRG群組係依過往平均金額支付，整體支付金額相同，並未苛待醫界。認為醫院會『有賺有賠』所以應該可以平衡收支，不過這是在病患平均分布的狀況下才可能。往後不同醫院之間的病患分布可能會非常不平均，部分醫院會將不符成本的案例轉給其他醫院。
DRGs制第二階段，原將導入254項治療，經與醫界等團體討論後，為符合臨床資源使用，17項治療暫緩實施，包括脊椎融合術7項、周邊血管支架植入術2項、心臟衰竭及休克治療2項、急性及亞急性心內膜炎1項、冠狀動脈血管支架植入及心律調節器裝置5項。並將原已於第1階段實施之部分高危險生產疾病，包括：植入性胎盤、產後大出血及產後血液凝固缺損等疾疾項目，排除DRG實施範圍。
