WHO/ATC (World Health Organization/Anatomical Therapeutic Chemical Classification；簡稱WHO/ATC)，與美國 AHFS/DI (American Hospital Formulary Service/Drug Information；簡稱AHFS/DI) 都是世界上常用的藥品分類編碼系統，其應用的範圍包含：衛生單位進行藥品項目的管理、學界評估用藥品質、醫療效益之分析，以及產業界行銷管理模式的建立等。
ATC code共有七個大寫英文字或數字組成。第1、4、5位為大寫字母，而2，3，6，7為數字。共分成五層。第一層大寫字母，代表其藥物在解剖學上作用位置的分類，共14類。
以SSRI類，成分為Fluoxetine的抗憂鬱劑來說，ATC碼的結構如下:
同一成分的藥品，可能因為不同劑型或用法，會有不同的ATC code。例如Dexamethasone，口服和針劑的ATC code為H02AB02，口內膠就是A01AC02，而眼藥膏就是S01BA01。
WHO/ATC 查詢網址 http://www.whocc.no/atcddd/
AHFS/DI 以美國食品藥物管理局所核准藥品為範圍。編碼不像ATC code編到個別化學物質。如: 第一代Cephalosporins (cefazolin、cefadroxil、cephalexin) 其AHFS/DI 編碼皆為08120604。
衛生福利部食品藥物管理署於103年5月22日，公告藥品藥理治療分類編碼原則。內容為:
鑒於WHO/ATC及AHFS/DI兩大系統大都針對單方藥品分類居多，而本國藥品存有相當程度的複方藥品，或同成分同劑型卻有不同適應症的核定，或適應症內容略有差異，故該署分類時予以編訂主碼、補充碼及副碼，而其編碼之認定原則，請詳見附件之本國藥品藥理治療分類編碼原則。
本國藥品藥理治療分類編碼原則
1. 一般原則：
(1) 按WHO 公告之ATC 編碼依成分、國內核准之適應症及劑型編列ATC 代碼，並依ATC 之藥理分類，編列相對應之AHFS 代碼。
(2) 依據本署核准適應症及參考資料(Micromedex, Martindale)之藥理分類而編列各成分，若AHFS/DI 碼有2 個以上時，以AHFS/DI紙本查詢到的編碼為主。
(3) 國內製劑編碼包含主碼及副碼，主碼指以該製劑之成分、適應症及劑型編列ATC 及相對應的AHFS 代碼，副碼為該製劑中所有個別成分之代碼，仍以該製劑之適應症及劑型，編列ATC 及相對應的AHFS 代碼。
(4) ATC 或AHFS 分類碼應以最新版本編碼更新。
2. 單方製劑的編碼原則：
(1) 依國內核准適應症僅可編列一個ATC/AHFS 代碼時，編列一個主碼。
(2) 單方製劑依國內核准適應症可編列2 個以上ATC/AHFS 代碼，以臨床主要用途為主碼，其餘增編列補充碼，及所有成分之副碼。
3. 複方製劑的編碼原則：
(1) 依國內核准適應症僅可編列一個ATC/AHFS 代碼時，編列一個主碼及所有成分之副碼。
(2) 複方製劑依國內核准適應症可編列2 個以上ATC/AHFS 代碼，以臨床常用成分編列一個主碼及所有成分之副碼。
(3) 複方製劑，對所有個別成分皆給予單方的編碼為副碼。
4. 原料藥的編碼原則：依成分編列所有相關之副碼。
5. 未收載於WHO 之成分的編碼原則：
(1) 依適應症、藥理分類及藥品劑型查詢參考資料編列至可判斷之階層。
(2) 不具療效的成分，如注射劑之溶媒，ATC 為V07，AHFS 編列為9600。
(3) 具有其他治療效果的成分，ATC 為V03，AHFS 編列為9292。
