臨床上將咳嗽分為急性咳嗽和慢性咳嗽兩大類。
急性咳嗽最常見原因是上呼吸道感染，也就是感冒，常會合併發燒、喉嚨痛、流鼻水等症狀，一般約在1-2週內會改善。急性鼻竇炎、喉炎、支氣管炎、肺炎也會引起急性咳嗽。但如果咳嗽超過8個星期，稱為慢性咳嗽。
最常見的原因有:
- 抽菸：香菸的煙霧會刺激呼吸道產生分泌物，引發咳嗽，長期更可能造成慢性支氣管炎。
- 氣喘：有些人連咳一、兩個月，以為是感冒後遺症，其實是因為有氣喘才造成咳很久。這類氣喘病人症狀不是喘、而是咳嗽，尤其在半夜或清晨四、五點最嚴重。 氣喘在幼年比較常發作，因為呼吸道發育還沒成熟，等到呼吸系統發育成熟，抵抗力較強，少發作以為好了。等到中老年，壓力大或免疫系統功能漸差，尤其在季節交替冷熱溫差大、感冒、接觸花粉等狀況下，又開始咳嗽。
- 過敏體質：有的病人並沒有達到氣喘的臨床診斷標準，但在感冒後常連咳好幾週好不了，這時就要懷疑可能是過敏體質。有過敏體質的人容易有過敏性結膜炎、皮膚搔癢、濕疹等，其氣管也比一般人敏感容易受刺激而咳嗽。
- 慢性阻塞性肺病(COPD)：連續兩年，每年咳嗽超過三個月。因為慢性支氣管炎、肺氣腫、氣喘等疾病，造成慢性且不可逆的呼吸道阻塞。症狀有長期咳嗽、多痰、容易疲倦、反覆呼吸道感染等。
- 鼻液倒流：因為過敏性或非過敏性鼻炎、鼻竇炎引起。病人會感覺有東西流到喉嚨，常常要清喉嚨。
- 胃食道逆流：因為胃和食道之間的括約肌功能不佳，胃酸容易逆流至食道，刺激食道上咳嗽神經接受體引發咳嗽，容易覺得胸口灼熱、半夜睡醒口乾口苦，聲音沙啞等。
- 藥物副作用：治療高血壓的血管升壓素轉換酶抑制劑(ACEI)，會引發乾咳，這些病人的肺功能是正常的，換過藥後咳嗽很快緩解。
- 吸入異物：容易發生在老人家，將異物吸進氣管。
- 空氣污染：這是常被忽略的咳嗽原因。
- 肺癌：當腫瘤刺激支氣管壁或阻塞空氣進出時會引起咳嗽反應。尤其如果有抽菸的人，咳嗽的型態改變或者咳嗽帶血，呼吸困難，需特別注意。
咳嗽的原因錯綜複雜，而且有的病人咳嗽還不只一個病因。除了止咳藥物外，其他的用藥如: 氣喘需使用氣管擴張劑、抗發炎藥物、類固醇；過敏、鼻液倒流用抗組織胺、去充血藥物、必要時用抗生素；慢性阻塞性肺病使用氣管擴張劑、類固醇；藥物副作用引起的咳嗽，則停用或改用其他藥物；胃食道逆流的病人，需減重、少碰咖啡、茶、可樂與油炸品、睡前兩小時不吃東西、使用抑制胃酸和促進腸胃蠕動藥物。
咳嗽時間在3週以下為急性咳嗽，3週至8週之間是亞急性咳嗽，8週以上是慢性咳嗽。若是咳嗽時間超過8週以上，應先照胸部Ｘ光。若胸部Ｘ光正常，就需進一步檢查，找出是否因氣喘、鼻涕倒流、胃酸逆流或其他原因產生慢性咳嗽。治療咳嗽，最重要的是診斷引起咳嗽的原因，以適當的治療除去病因，才能完全解除咳嗽的痛苦。而時間和耐心，更是復原的必要條件。
